Несколько раз сталкивался с необходимостью удалить огроменное количество файлов в каталоге, при этом ни rm, ни find не помогали (например, Maildir, который не чистился годами, или mod-tmp каталог ISPmanager’а).
Выручил, внезапно, perl:
cd /путь/к/целевому/каталогу/
perl -e 'for(<*>){((stat)[9]<(unlink))}'